Fortalecer la transdisciplina incorporando saberes y conocimientos locales en la zona costera, es uno de los objetivos principales del Centro UC Observatorio de la Costa. Para ello el Centro trabaja de forma permanente con núcleos territoriales integrados por representantes de comunidades costeras.
Los primeros núcleos territoriales fueron establecidos durante el trabajo inicial del Centro en la zona central de Chile, a los que se han ido agregando núcleos en el norte y sur del país.
En la Región de Coquimbo Surgencia ONG trabaja como núcleo territorial para contribuir a la conservación y la puesta en valor del patrimonio costero-marino, a través de acciones para la valoración ciudadana de la costa con un enfoque de ciencia e interdisciplinaria.
Núcleo territorial integrado por el Comité Ambiental Comunal (CAC) La Ligua, cuya acción abarca la defensa del área costera y playas del parea como Papudo. En playa Molles y Pichidangui la ONG Protege Los Molles trabaja por la defensa del patrimonio ambiental, cultural y arqueológico.
En la zona costera de las comunas de Quintero y Puchuncaví, la ONG Salvemos Quirilluca busca proteger el sitio prioritario de acantilados que se extiende desde la caleta de Horcón por el sur hasta la caleta de Maitencillo por el norte.
Diversas organizaciones se suman como núcleos territoriales para la defensa de la costa en esta zona en esta zona incluyendo desde Valparaíso hasta San Antonio. Fundación Cosmos (San Antonio); Comite Ambiental Comunal de Algarrobo, Comité Ambiental Comunal El Tabo, Comité Ambiental Comunal de San Antonio, Comité Ambiental Comunal de Cartagena.
En Maule ONG Territorio a Escala Humana busca fomentar el desarrollo local mediante la participación comunitaria, con el propósito que las organizaciones y la ciudadanía visibilicen sus recursos y potencien su territorio.
La ONG Aysén Mira al Mar busca desarrollar las capacidades locales de la Región de Aysén para crear un polo de Ecoturismo Marino, apuntando al desarrollo local basado en la conservación del patrimonio cultural y natural.
La ONG Ciudadanos y Clima busca concientizar sobre el cambio climático y visibilizar impactos medioambientales desde el extremo sur de Chile, implementando diversas actividades e instancias de participación ciudadana centradas en la conservación.